Koronavirüs (Covid-19) Testleri Nasıl Yapılıyor ?

Yeni tip koronavirüsün (Covid-19) çıktığı günden bu yana test süreçlerinin geliştirilmesi için bilim insanları yoğun bir çalışma sürdürüyor. Covid-19 ilk olarak 2019 yılının aralık ayının ortalarında Çin’in Hubei eyaletinin Wuhan kentinde görüldü. O günden bu yana birçok araştırma yapıldı, birçok makale paylaşıldı ancak şu ana kadar kesin olarak hangi hayvandan insana geçtiği bilinmiyor. Çıktığı ilk yer olarak gösterilen su ürünleri pazarı ise bu konuda bazı ön fikirler oluşturabilir. Ortaya çıkışından bu yana ilk olarak Çin sonra İran ve sonra İtalya vaka sayılarının yüksek olduğu ülkeler olarak dikkat çekti. Şu an tüm dünyayı ciddi bir şekilde etkisi altına alan ve ülkemizde okulların tatil edilmesine kadar varan önlemler alınmasına neden olan bu virüs aslında 2002 Sars virüsüyle benzerlikler gösteriyor. Bu benzerlikler muhtemel aşı ve tedavi çalışmalarında bir ön ayak olabilir.

Peki bugün dünyada yayılmasını sürdüren ve her geçen gün daha fazla can alan bu yeni tip koronavirüs nasıl teşhis ediliyor ? Test kitleri nasıl çalışıyor ?

İlk olarak dünyada birçok biyoteknoloji firması 10 Ocak 2020 tarihinde virüsün genetik materyalinin yayınlanmasıyla beraber bu alanda hızlı bir şekilde çözümler üretmeye başladı. Wuhan ilk vakanın görüldüğü yer olduğu için ilk testler de doğal olarak orada uygulanmaya başlandı. Ancak bazı testler sonucunda negatif sonuç veren hastaların birkaç gün sonra hasta olduğu ortaya çıktı. Tabii ki bu ilk testlerde bazı hatalar olabileceği ve yanlış sonuçlar verebileceği bir gerçek. Şu an dünyada kullanılan testler, RT-PCR (Real-time Revers-Transkriptaz Polymerase Chain Reaction) metodunu kullanıyor. Bu metot HIV gibi virüslerin ve bazı patojenlerin teşhisinde de kullanılıyor. Genel olarak dünyadaki testlerde öncelikle hastanın boğazından veya burnundan örnekler alınıyor (özellikle mukoza tabakalarından). Bu örneklerde patojenin genetik materyali aranıyor. İlk olarak alınan örnekler belirteçlerle (reagent) bir tüpte karıştırılıyor ve daha sonra bir makineye konularak genetik materyal kopyalanıyor (duplicate). Eğer burada virüs tespit edilirse, hasta Covid-19 pozitif olarak değerlendiriliyor. Ama her testte olduğu gibi bu testinde false negative(hatalı negatif) ve false positive(hatalı pozitif) sonuç verme ihtimali var.

Bu test sürecinde hata payını artırabilecek bazı faktörler var: Hastadan alınan örneğin laboratuvara götürülme süresi ve taşınma koşulları çok büyük bir öneme sahip ve bu testin olduğu ortam, tanı kitinin bulunduğu ortam koşulları hata payını etkileyen durumlar. Ayrıca bu test kitlerinin ne kadarlık bir virüs yoğunluğundan sonra pozitif sonuç çıktısı vereceği de ayrı bir tartışma başlığı (Not: Bilim insanları bu test kitlerini sürekli kanıtlanmış vakalarla test edip bu özelliklerini geliştirmeye çalışıyorlar.)[1]

Peki ülkemizdeki sürekli konuşulan ‘yerli tanı kiti’ nedir ve nasıl kullanılıyor ?

Yerli Tanı Kiti / via: VoA

Öncelikle ABD gibi bazı ülkelerde kullanılan testlerin yanlış sonuçlar vermesi sonucunda değiştirilmesi, bazı soru işaretlerini akıllara getiriyor ama Türkiye’de kullanılan test RT-PCR yöntemiyle yapılmış dünyanın geri kalanında kullanılanla aynı formatta olan ayrıca kanıtlanmış vakalarla denenmiş bir tanı kiti olması sebebiyle güvenilirlik oranı artıyor. Tabii ki bu söylediklerimin hepsi kamuoyuna aktarılan bilgilerden ibaret ancak bu tarz bir konuda yanlış bir yönlendirme yapılacağını düşünmüyorum. Bugüne kadar (16 Mart 2020) yapılan test sayılarına gelecek olursak açıkçası ülkemiz için yeterli sayıda test yapılıp yapılmadığı bir süredir halk arasında tartışılıyordu ancak verilen yanıtlar, belirti gösteren tüm hastalara yapıldığı şeklindeydi.

Dünyada yapılan test miktarları

[2] Görüldüğü üzere tarih ve ülkeler kıyaslamasında ülkemizin, nüfus olarak bize yakın ülkelere nazaran daha az test yaptırdığı görülmektedir. O yüzden ivedi şekilde birçok biyoteknoloji firmasıyla anlaşılıp bu tanı kiti üretme sürecine hız kazandırılmalıdır çünkü ne kadar daha çok test yapılırsa muhtemel pozitif vakaların teşhisi daha hızlı bir şekilde konulup doğru kişilerin karantinaya alınması sağlanılabilir. 26 Mart 2020 tarihi itibariyle Türkiye’de tanı kiti üretimi faaliyetinde bulunan firma sayısının arttığını ve bunların Tübitak’ın hazırladığı internet sitesinden görebilmek mümkün.

Ulusal Viroloji Laboratuvarı Sorumlusu Doç. Dr. Gülay Korukluoğlu, Türkiye’de mevcut olan “Pan Koronavirüs PCR” olarak tanımlı tanı yönteminden yararlanılarak, alt solunum yolu rahatsızlığına yani akciğerler üzerinde rahatsızlığa yol açarak ölümlere neden olan corona virüsü tıbbi adıyla “Covid-19”ı teşhis edebilecek kit üretildiğini aktardı. Bu RT-PCR testi yaklaşık bir buçuk saat  sürüyor. Türkiye’nin Covid-19 teşhisini gerçekleştirmeyi hedefleyen yerli tanı kitini Dünya Sağlık Örgütü (WHO) ve uluslararası güvenilirlik kriterlerine uygun olarak oluşturduğunu bildirdi. [3] Test ilk olarak hastadan nazofarinegeal yani burun içinden (üst yutaktan) örnek alınmasıyla ya da balgam veya oroferingeal sürüntü denilen  kültür çubuğu ile yutaktan alınan örneklerin işleme sokulmasıyla  başlıyor. Bu aşamada M proteini, E proteini, S proteini gibi bazı spesifik genetik materyal kısımlarını karşılaştırıyor. Her Covid-19 her hastada  %100 oranında benzer çıkması beklenmiyor çünkü doğal olarak virüsler çok çabuk mutasyon geçiriyor ve değişiyor.  [4]

İşte üstte gördüğünüz Türkiye’de kullanılan ‘yerli tanı kiti‘ ve onun bilginlendirme metni. Buradaki bilgilere göre testin 2 aşaması var ilk aşamadan pozitif çıktı veren vakalar ikinci aşamaya geçiyor ve eğer oradan da pozitif çıktı verirse artık hasta Covid-19 pozitif bir hasta haline dönüşüyor. Ürünü Sağlık bakanlığıyla birlikte Bioeksen adlı firma geliştiriyor. Ürünü geliştiren firmanın internet adresi: https://bioeksen.com.tr.

Ayrıca Çin’de yapılan yeni araştırmalara göre bu testlerin süresi 15 dakikaya kadar düşebilir.  [5] Aşı çalışmaları için çok fazla spekülatif haber var bu konuda dikkatli davranmak gerek. Ancak Amerika, Çin, Almanya ülkelerinde önemli ilaç firmalarının çalışmalarına hız kazandırdığı söyleniyor.

NOT: Bugün (16 Mart 2020) tarihinde Sağlık Bakanı Fahrettin Koca tarafından yapılan açıklamada tüm illere antijel tanı kiti gönderileceğini söyledi. Herhangi bir kişi Covid-19’a maruz kaldığı zaman bağışıklık sistemi virüsün antijelleri için antikorlar üretmeye başlar. Bu antikor ve antijeller için hazırlanan bir serum aracılığıyla insandan alınan örnekler analiz edilerek sonuç üretebilir. Sağlık Bakanlığından henüz bu kitle ilgili yeteri kadar açıklama yapılmadığı için tam olarak nasıl bir şeması var bilemiyorum ancak dünyada buna benzer bir tanı kitine göre üstte yazdığım şekilde gerçekleşen bir süreç var. Yurtdışında satılan bir antijel tanı kitinin anlatıldığı bir içerik için tıklayın. Aynı zamanda bu antijel kitleri çok kısa bir sürede sonuç verebilmektedir.

NOT-2: Bugün (21 Mart 2020) tarihinde Sağlık Bakanlığı tarafından duyurulan 15 dakikada sonuç veren yeni tanı kitleri kullanılmaya başlandı. Bu testler üstteki notta anlattığım antikor bazlı testler. Temel amaçları sizin kanınızda virüsün antijellerine karşı bağışıklık sisteminiz tarafından üretilmiş antikorların olup olmadığını saptamaktır. Bu testte sorun olan noktalardan biri antikorlar virüs vücudunuza girdiğinde üretilmeye başlamamasıdır. Bağışıklık sisteminin tepki süresi insandan insana değişmekle beraber antikorların üretilmeye başlanma süresi de değişmektedir. Örneğin: HIV virüsü (AIDS’e neden olan) için antikorların insan vücudunda tespit edilmeye başlama süresi 3 ila 8 haftadır

Meraklısına:

PCR(Polymerase Chain Reaction) Nedir ?

PCR(Polimeraz Zincir Reaksiyon) DNA replikasyonunun taklit edilmesi olarak tanımlanır. Bu işlem bir ortam içerisinde birçok kez tekrarlanmasıyla beraber ilk DNA’nın miktarı sayıca arttırılır.[6]

RT-PCR Nedir ?

Revers-Transkriptaz Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR); hücrelerden izole edilen RNA moleküllerinin retrovirüslerden izole edilen Revers transkriptaz enzimi yardımıyla komplementer DNA (cDNA) sentezini gerçekleştirmesi sonucu, gen ekspresyonu analizlerinin yapılabildiği hızlı ve hassas bir yöntemdir.[6] Ayrıca HIV gibi bazı virüs testlerinde de RT-PCR metodu kullanılmaktadır.

Bu yazıyı beğendiyseniz arkadaşlarınızla paylaşarak herkese ulaşmasını sağlayabilirsiniz ve diğer yazılarımdan haberdar olmak için beni Twitter‘dan takip edebilirsiniz.

İleri Okuma:

• https://www.youtube.com/watch?v=Jvy6C5c9xTw
• https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus-assay-v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2279895/pdf/0140033.pdf

Kaynakça:

[1] https://www.youtube.com/watch?v=tgyzdgf66eM&feature=youtu.be

[2] https://ourworldindata.org/covid-testing & https://www.hurriyet.com.tr/gundem/testler-parali-mi-kac-kisiye-yapildi-41468631

[3] https://www.amerikaninsesi.com/a/saglik-bakanligi-corona-virusu-teshis-edecek-yerli-kiti-tanitti/5291341.html

[4] https://www.amerikaninsesi.com/a/saglik-bakanligi-corona-virusu-teshis-edecek-yerli-kiti-tanitti/5291341.html

[5] https://www.youtube.com/watch?v=Gti-q7ry0eg

[6] https://dergipark.org.tr/tr/download/article-file/25451

Not:19 Mart Türkiye test verisi Sağlık Bakanı açıklamasından alınmıştır.

Not:20 Mart Türkiye test verisi Sağlık Bakanı’nın açıklamasına önceki açıklamasının sayısının eklenmiş halidir.

Not:21 Mart Türkiye test verisi Sağlık Bakanı açıklamasından alınmıştır.

Not:G.Kore test verileri:http://ncov.mohw.go.kr/en/

Not:Bazı test verileri: https://en.wikipedia.org/wiki/COVID-19_testing

Görsel Kaynaklar: https://www.amerikaninsesi.com

Stok Fotolar : pexels.com